Devido ao elevado número de pedidos no âmbito do concurso APOIAR.PT, o Balcão do Portugal 2020 tem apresentado falhas no desempenho de algumas funções. Todavia, estão a ser efetuadas um conjunto de diligências para resolução da questão.

As candidaturas ao NORTE 2020 e aos restantes programas regionais e temáticos do Portugal 2020 são apresentadas no Balcão 2020, o único ponto de acesso aos fundos comunitários. A autenticação no portal requer o uso do Número de Identificação Fiscal e da palavra-chave fornecida pela Autoridade Tributária e Aduaneira.